Nagrody i wyróżnienia
- 1959 I, II i III Nagroda za Strofy, Emanacje i Psalmy Dawida na II Konkursie Młodych Kompozytorów Związku Kompozytorów Polskich
- 1961 Nagroda UNESCO za Tren ofiarom Hiroszimy
- 1962 I Nagroda za Kanon na konkursie kompozytorskim im. Artura Malawskiego w Krakowie
- 1966 Grosser Kunstpreis des Landes Nordrhein-Westfalen za Pasję według św. Łukasza
- 1967 Prix Italia za Pasję według św. Łukasza
- Złoty Medal 100-lecia Sibeliusa
- 1968 Prix Italia za Dies irae
- 1970 Nagroda Związku Kompozytorów Polskich
- 1977 Nagroda im. Gottfrieda von Herdera od Fundacji W.v.s., Hamburg
- 1978 Nagroda Arthura Honeggera za Magnificat
- 1981 Médaille de la Ville de Paris
- 1983 Nagroda im. Sibeliusa od Fundacji Wilhouri w Helsinkach
- 1985 Nagroda Lorenzo Magnifico, Florencja
- 1986 Medal im. Stefanii Niekrasz od Zjednoczenia Polskich Muzyków Za Granicą
- 1987 Nagroda Karla Wolfa od izraelskiej Wolf-Foundation
- 1988 Nagroda Grammy od National Academy of Recording Arts and Sciences za nagranie II Koncertu wiolonczelowego w wykonaniu Mścisława Rostropowicza pod dyrekcją Krzysztofa Pendereckiego
- 1989 Złoty Medal im. Manuela de Falli od Accademia de Bellas Artes, Granada
- 1990 Das Grosse Verdienstkreuz des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland
- 1992 Dwie nominacje do Grammy Award
- 1992 Grawemeyer Music Award
- 1997 Crystal Award, World Economic Forum, Davos
- 1998 Nagroda Specjalna Business Centre Club, Warszawa
- 1999 Nagroda Grammy „Best Classical Contemporary Composition” za II Koncert skrzypcowy „Metamorfozy” (Anne-Sophie Mutter, skrzypce)
- Nagroda Grammy dla dyrygenta Krzysztofa Pendereckiego “Best Instrumental Soloist Performance (with Orchestra)” za jego II Koncert skrzypcowy “Metamorphosen” (Anne-Sophie Mutter, skrzypce, London Symphony Orchestra)
- Nagroda AFIM Indie Award za nagranie Credo dla wytwórni Hänssler
- Köhler-Osbahr-Stiftung Music Award
- 2000 Best Living Composer, Midem Classique, Cannes
- Ordine Al Merito della Repubblica Italiana
- 2001 Nagroda Grammy „Best Choral Composition” za Credo
- Nagroda Księcia Asturii (Premio Príncipe de Asturias de las Artes)
- Statuetka Złotego Hipolita Towarzystwa im. Cegielskiego, Poznań
- 2002 Nagroda Romana Guardiniego, Katolicka Akademia, Monachium
- 2003 Nagroda Wielka Fundacji Kultury, Warszawa
- Nagroda Państwowa Nadrenii Północnej-Westfalii
- 2004 Praemium Imperiale, Japonia
- Wyróżnienie w Eurokonkursie Amico Europae A.D. 2004, Warszawa
- 2005 Order Orła Białego, Warszawa
- 2006 Baltic Star
- 2006 Order Trzech Gwiazd, Łotwa
- 2008 Złoty Medal Ministra Kultury Armenii
- 2008 Honorowe Wyróżnienie Solidna Firma 2007 "za wybitną twórczość oraz promocję polskiej kultury w świecie"
- 2008 Medal Leonardo da Vinci od Europejskiej Akademii Nauk w Hanowerze, przyznany w Erewaniu, Armenia (kwiecień 2008)
- 2008 Order im. Bernardo O’Higginsa stopnia oficerskiego, Chile
- 2008 Honorowe odznaczenie od Ambasady Boliwariańskiej Republiki Wenezueli za „cenną współpracę i wkład w działalność”
- 2008 Honorowy Medal Thorunium w uznaniu za zasługi dla miasta Torunia, 15 maja 2008
- 2008 Polska Nagroda Filmowa Orzeł 2008 w kategorii Najlepsza Muzyka za film „Katyń” (kwiecień 2008)
- 2008 Doroczna Nagroda w dziedzinie muzyki od Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Bogdana Zdrojewskiego (czerwiec, Zamek Królewski, Warszawa)
- 2008 Nagroda Prezydenta Miasta Gdańska Neptun 2008 za wybitny wkład w rozwój światowej muzyki i nieocenione zasługi dla kultury polskiej (4 lipca 2008)
- 2009 Ordre de Mérite du Grand-Duché de Luxembourg
- 2009 Order Honorowy od Prezydenta Republiki Armenii, Erewan, 28 października
- 2010 Bronze Medal, Distinguished Visitor, University of Toronto, Faculty of Music (medal designed by Sandra Noble Goss)
- 2011 Grand-Croix de l’Ordre „Pro Merito Melitensi”
- 2011 Nagroda Sacem dla najlepszej muzyki oryginalnej (Krzysztof Penderecki, De natura honoris) w filmie braci Quay „Maska” (Międzynarodowy Festiwal Animacji Annecy 2011)
- 2011 Nagroda „Ku Spotkaniu” Marszałka Senatu RP i Przewodniczącego Rady Federacji Zgromadzenia Federalnego Federacji Rosyjskiej
- 2011 Nagroda Polskiej Akademii Telewizyjnej- złoty Super Wiktor dla największej osobowości
- 2012 Viadrina Preis, Europa Universität Viadrina Frankfurt (Oder) Lifetime Achievement Award 2012 International Classical Music Awards
- 5 kwietnia 2013 Odznaka Honorowa Województwa Podlaskiego z rąk Marszałka Województwa, Jarosława Zygmunta Dworzańskiego.
- 13 czerwca 2013 Złoty Medal Honorowy za Zasługi dla Województwa Małopolskiego
