Nagrody i wyróżnienia

  • 1959 I, II i III Nagroda za Strofy, Emanacje i Psalmy Dawida na II Konkursie Młodych Kompozytorów Związku Kompozytorów Polskich
  • 1961 Nagroda UNESCO za Tren ofiarom Hiroszimy
  • 1962 I Nagroda za Kanon na konkursie kompozytorskim im. Artura Malawskiego w Krakowie
  • 1966 Grosser Kunstpreis des Landes Nordrhein-Westfalen za Pasję według św. Łukasza
  • 1967 Prix Italia za Pasję według św. Łukasza
  • Złoty Medal 100-lecia Sibeliusa
  • 1968 Prix Italia za Dies irae
  • 1970 Nagroda Związku Kompozytorów Polskich
  • 1977 Nagroda im. Gottfrieda von Herdera od Fundacji W.v.s., Hamburg
  • 1978 Nagroda Arthura Honeggera za Magnificat
  • 1981 Médaille de la Ville de Paris
  • 1983 Nagroda im. Sibeliusa od Fundacji Wilhouri w Helsinkach
  • 1985 Nagroda Lorenzo Magnifico, Florencja
  • 1986 Medal im. Stefanii Niekrasz od Zjednoczenia Polskich Muzyków Za Granicą
  • 1987 Nagroda Karla Wolfa od izraelskiej Wolf-Foundation
  • 1988 Nagroda Grammy od National Academy of Recording Arts and Sciences za nagranie II Koncertu wiolonczelowego w wykonaniu Mścisława Rostropowicza pod dyrekcją Krzysztofa Pendereckiego
  • 1989 Złoty Medal im. Manuela de Falli od Accademia de Bellas Artes, Granada
  • 1990 Das Grosse Verdienstkreuz des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland
  • 1992 Dwie nominacje do Grammy Award
  • 1992 Grawemeyer Music Award
  • 1997 Crystal Award, World Economic Forum, Davos
  • 1998 Nagroda Specjalna Business Centre Club, Warszawa
  • 1999 Nagroda Grammy „Best Classical Contemporary Composition” za II Koncert skrzypcowy „Metamorfozy” (Anne-Sophie Mutter, skrzypce)
  • Nagroda Grammy dla dyrygenta Krzysztofa Pendereckiego “Best Instrumental Soloist Performance (with Orchestra)” za jego II Koncert skrzypcowy “Metamorphosen” (Anne-Sophie Mutter, skrzypce, London Symphony Orchestra)
  • Nagroda AFIM Indie Award za nagranie Credo dla wytwórni Hänssler
  • Köhler-Osbahr-Stiftung Music Award
  • 2000 Best Living Composer, Midem Classique, Cannes
  • Ordine Al Merito della Repubblica Italiana
  • 2001 Nagroda Grammy „Best Choral Composition” za Credo
  • Nagroda Księcia Asturii (Premio Príncipe de Asturias de las Artes)
  • Statuetka Złotego Hipolita Towarzystwa im. Cegielskiego, Poznań
  • 2002 Nagroda Romana Guardiniego, Katolicka Akademia, Monachium
  • 2003 Nagroda Wielka Fundacji Kultury, Warszawa
  • Nagroda Państwowa Nadrenii Północnej-Westfalii
  • 2004 Praemium Imperiale, Japonia
  • Wyróżnienie w Eurokonkursie Amico Europae A.D. 2004, Warszawa
  • 2005 Order Orła Białego, Warszawa
  • 2006 Baltic Star
  • 2006 Order Trzech Gwiazd, Łotwa
  • 2008 Złoty Medal Ministra Kultury Armenii
  • 2008 Honorowe Wyróżnienie Solidna Firma 2007 "za wybitną twórczość oraz promocję polskiej kultury w świecie"
  • 2008 Medal Leonardo da Vinci od Europejskiej Akademii Nauk w Hanowerze, przyznany w Erewaniu, Armenia (kwiecień 2008)
  • 2008 Order im. Bernardo O’Higginsa stopnia oficerskiego, Chile
  • 2008 Honorowe odznaczenie od Ambasady Boliwariańskiej Republiki Wenezueli za „cenną współpracę i wkład w działalność”
  • 2008 Honorowy Medal Thorunium w uznaniu za zasługi dla miasta Torunia, 15 maja 2008
  • 2008 Polska Nagroda Filmowa Orzeł 2008 w kategorii Najlepsza Muzyka za film „Katyń” (kwiecień 2008)
  • 2008 Doroczna Nagroda w dziedzinie muzyki od Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Bogdana Zdrojewskiego (czerwiec, Zamek Królewski, Warszawa)
  • 2008 Nagroda Prezydenta Miasta Gdańska Neptun 2008 za wybitny wkład w rozwój światowej muzyki i nieocenione zasługi dla kultury polskiej (4 lipca 2008)
  • 2009 Ordre de Mérite du Grand-Duché de Luxembourg
  • 2009 Order Honorowy od Prezydenta Republiki Armenii, Erewan, 28 października
  • 2010 Bronze Medal, Distinguished Visitor, University of Toronto, Faculty of Music (medal designed by Sandra Noble Goss)
  • 2011 Grand-Croix de l’Ordre „Pro Merito Melitensi”
  • 2011 Nagroda Sacem dla najlepszej muzyki oryginalnej (Krzysztof Penderecki, De natura honoris) w filmie braci Quay „Maska” (Międzynarodowy Festiwal Animacji Annecy 2011)
  • 2011 Nagroda „Ku Spotkaniu” Marszałka Senatu RP i Przewodniczącego Rady Federacji Zgromadzenia Federalnego Federacji Rosyjskiej
  • 2011 Nagroda Polskiej Akademii Telewizyjnej- złoty Super Wiktor dla największej osobowości
  • 2012 Viadrina Preis, Europa Universität Viadrina Frankfurt (Oder) Lifetime Achievement Award 2012 International Classical Music Awards
  • 5 kwietnia 2013 Odznaka Honorowa Województwa Podlaskiego z rąk Marszałka Województwa, Jarosława Zygmunta Dworzańskiego.
  • 13 czerwca 2013 Złoty Medal Honorowy za Zasługi dla Województwa Małopolskiego